Wymaga się, aby sprzęt medyczny był odpowiednio czyszczony i dezynfekowany. Endoskop jest przeznaczony do wielokrotnego użytku – oznacza to, że korzystają z niego różni pacjenci. Po każdym zabiegu wziernik należy poddać dezynfekcji. Temu działaniu służą specjalne myjnie endoskopowe. Są one kompatybilne ze wszystkimi producentami endoskopów.
Dzięki zastąpieniu pracy manualnej nowoczesnymi urządzeniami zyskuje się pewność rzetelnego wyczyszczenia sprzętu i całkowitego zwalczenia drobnoustrojów. Myjnia endoskopowa umożliwia mycie w przeznaczonej specjalnie do tego celu chemii, w odpowiedniej temperaturze. Chcąc zapobiec zalaniu wnętrza endoskopu, producenci myjni umożliwili, aby podczas całego procesu prowadzona była automatyczna kontrola szczelności i drożności.
Najwyższą sterylność endoskopów zapewniają właśnie myjnie endoskopowe. Jest to także rozwiązanie bardzo ekonomiczne zarówno pod względem zużycia wody, jak i wykorzystania detergentów. Środek myjący najczęściej stosuje się jednorazowo, natomiast preparaty dezynfekujące z reguły używane są wielokrotnie.